Elburg kent in de late Middeleeuwen een rijk geloofsleven: naast de imposante Sint Nicolaaskerk staan op diverse plaatsen kapellen en ‘onser lieve vrouwen huisjes’. Er worden processies gehouden, geestelijke broederschappen opgericht, vicarieën gesticht en een priestermemorie in het leven geroepen. Twee religieuze vrouwenbewegingen krijgen een plek in Elburg: één in het begijnhuis vlakbij de kerk, één in het imposante Agnietenklooster.
In de loop van de 16e eeuw bereikten de ideeën van kerkhervormer Maarten Luther Elburg. In 1556 leidt dit tot een beeldenstorm. In de Sint Nicolaaskerk, het Agnietenklooster en het Heilige Geestgasthuis worden vernielingen aangericht. In 1572 kiest Elburg definitief voor de ‘Gereformeerde Religie’. In de 19e eeuw laten de Afscheiding en de Doleantie en Elburg hun sporen achter: de Christelijke Gereformeerde Kerk en de Gereformeerde Kerk ontstaan. In de jaren die volgen worden meerder kerken en geloofsgemeenschappen opgericht, waaronder opnieuw een rooms-katholieke kerk. Ook de kernen Doornspijk en ’t Harde kennen meerdere kerken en geloofsgemeenschappen.
Vanaf eind zeventiende eeuw telt Elburg ook een joodse gemeenschap. Deze groeit in de loop van de jaren uit tot vijf procent van de bevolking. Uit economische motieven vertrekt het merendeel van de joden in de eerste decennia van de 20e eeuw. Met de deportatie van de laatste 21 joden vanuit Elburg komt in de Tweede Wereldoorlog een einde aan het joodse leven in de stad.